Происхождение породы кошек мейн-кун окутано тайной. История этой породы тесно переплетена с историей освоения Америки. Ранняя история породы окутана тайной. Кошки попали на американский континент очень давно с первыми кораблями из Европы. Это потомки тех самых корабельных крысыловов, без которых не уходило в плавание ни одно судно. В каком точно веке это было – остается только догадываться. Были ли это кошки переселенцев или кошки, спасшиеся после кораблекрушений и одичавшие – остается только догадываться.
Есть несколько легенд о том, как появились мэйн-куны.
Одна из легенд рассказывает, что длинношерстными кошками американский континент обязан Марии-Антуаннете. Капитан Сэмюель Клоа готовил побег опальной королевы из Франции в 1793 году. Корабль загружался всем тем, что королева, известная поклонница роскоши, считала необходимым захватить с собой в дорогу: роскошной мебелью, дорогими безделушками и шестью любимыми кошками королевы. Но судьба распорядилась иначе. Побег не удался, королева была казнена, а капитан вынужден был бежать, опасаясь преследования. Так роскошные кошки опальной королевы попали на Американский континент, где нашли свой новый дом и были приняты в общество короткошерстных кошек, которые прибыли на континент раньше. Но побег не удался, королеву казнили, а капитан, готовивший побег, бежал. а её кошки благополучно пересекли океан и достигли Америки. Они прожили долгую и счастливую жизнь, заключив множество браков с местными аборигенными кошками.
Еще одна романтическая история рассказывает, что когда-то жил английский капитан, у него было прозвище «Енот». Известен он был тем, что очень любил кошек и не плавал без своей пушистой свиты. На его корабле жило очень много дорогих кошек, в основном персидских и ангорских. Капитан путешествовал к берегам Америки. Люди, которые брали котят с корабля, называли их "котятами от Енота".
Существуют также легенды о возникновении этой породы. Многие до сих пор верят, что кошки, попав на Американский континент, скрестились с местной североамериканской рысью (доводом в пользу версии приводят кисточки на ушах мейн-кунов), или даже с енотом (часть названия «кун», в переводе означает «енот», а цвет шерсти, напоминает цвет шерсти енота). Версии очень романтичные, но они не имеют под собой оснований, ведь существуют видовые отличия и скрещивания между ними невозможны.